Un article écrit par Binh An Vu Van

Génétique autochtone : réparer l’injustice

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Le génome d’une personne contient l’ensemble de son matériel génétique portée par l'ADN situé sur les 23 paires de chromosomes.Cliquez ici pour afficher l'image d'en-tête
Le génome d’une personne contient l’ensemble de son matériel génétique portée par l'ADN situé sur les 23 paires de chromosomes.

Les données des Autochtones sont absentes des grandes bases de données génétiques, en grande partie à cause d’une longue histoire d’abus de confiance. Des chercheurs rebâtissent les ponts avec les communautés autochtones canadiennes dans l’espoir de mieux les soigner.

Dans la grande salle éclairée aux fluorescents du centre de santé Sik-E-Dakh, dans le nord de la Colombie-Britannique, une centaine de personnes de la nation autochtone des Gitxsan sont réunies : des familles, des enfants, des aînés. Ils sont venus entendre parler de génétique.

Le personnel prépare des plats traditionnels et ajuste les projecteurs pour une présentation PowerPoint, en attendant l’arrivée de Laura Arbour, médecin généticienne et alliée de longue date de la communauté.

Depuis plus de 20 ans, la chercheuse fait ce voyage vers le nord de la province, à 750 km de Vancouver, vers le creux des montagnes enneigées, vers le territoire des Gitxsan, établi le long du fleuve Skeena.

Elle est venue leur parler d’équité génétique. Témoin de l’essor fulgurant des technologies de séquençage des dernières décennies, elle constate que l'écart quant à l’accès aux technologies génomiques se creuse rapidement entre la population générale et les Autochtones.

Ceux qui souffrent des plus importantes disparités en matière de soins de santé ne bénéficient pas toujours des avancées des technologies génomiques.

Laura Arbour, médecin généticienne

Pour se rendre au village, immanquablement, elle traverse le spectaculaire pont de Hagwilget qui enjambe un canyon vertigineux qui la terrifie chaque fois.

Pour moi, ce pont est une métaphore de ce que nous souhaitons faire. Le gouffre représente ce que nous appelons le gouffre génomique. Ce pont sert depuis des décennies à acheminer les soins de santé aux communautés d’ici. Et c’est un pont comme celui-ci que nous voulons bâtir avec notre projet The Silent Genomes Project, le Projet du génome silencieux, affirme-t-elle.

Le projet impossible

The Silent Genomes Project est né il y a près de 10 ans à Vancouver de l’esprit de Wyeth Wasserman, chercheur à l’Université de la Colombie-Britannique. Le bio-informaticien au sourire timide se décrit comme un geek du genre qu’on garde caché dans les sous-sols. Son humilité cache l’ampleur de son travail.

Dès les tout premiers débuts de la révolution génétique, le scientifique a voulu, avec ses collègues, mettre en place les installations nécessaires permettant de mettre à profit ces avancées pour le diagnostic des enfants atteints de maladies rares à l’Hôpital pour enfants de la Colombie-Britannique. Grâce à lui, on y trouve désormais certaines des capacités de séquençage du génome entier à des fins cliniques les plus avancées de la province.

En 2016, le dossier d’un enfant malade a bouleversé sa carrière. Lors d’une rencontre de routine hebdomadaire entre médecins et généticiens, une de ses collègues était intriguée par le cas d’un enfant dont elle a fait séquencer le génome. Nous tentions d’identifier la mutation génétique qui causait la maladie de son patient, mais son génome présentait de cinq à sept variations anormales. C’était très inhabituel, se souvient Wyeth Wasserman.

Pour un cas typique de maladie génétique, les généticiens peuvent repérer un ou deux variants génétiques anormaux. J’en avais vu beaucoup en carrière, mais malgré cela, pour moi, ça n'avait aucun sens, concède-t-il.

Pour comprendre l’incongruité de la situation, il faut savoir que tous les humains portent des millions de variants génétiques, qui les rendent uniques sans les rendre malades. Pour diagnostiquer leurs patients, les chercheurs consultent des catalogues en ligne qui répertorient les variants normaux et répandus dans la population afin de repérer les mutations anormales qui causent un problème. Pour cet enfant, cinq mutations n’étaient pas répertoriées, mutations considérées comme anormales.

En fait, le patient était un Autochtone. Et il y avait tant de variants inconnus parce qu’il n’y avait pas de données de référence autochtone.

Wyeth Wasserman, professeur en génétique à l’Université de la Colombie-Britannique

Pour illustrer l’ampleur de la disparité, les chercheurs présentent souvent le diagramme de la composition du plus important de ces catalogues, le gnomAD, qui compile à ce jour les données de plus de 800 000 individus. Il est en grande partie composé d’Européens, avec une représentation marquée d’Africains, de Sud-Asiatiques et de Juifs ashkénazes. Puis, il reste une fine tranche, baptisée Autres, qui représente près de 4 % des sujets. Parmi eux, on retrouve des Autochtones.

Avec si peu de points de comparaison, il est donc difficile de déterminer quelles variations sont normales, communes, et lesquelles pourraient causer une maladie. C’est dans ce genre de moment que vous vous dites que quelque chose ne fonctionne pas, que c’est fondamentalement injuste, s’insurge Wyeth Wasserman.

Son ton monte : Si deux enfants arrivent à l'hôpital et que l’un est d’origine européenne, il recevra un diagnostic de haute qualité. L’autre a des origines autochtones. On doit lui répondre : "désolé, nous ne pouvons pas vous traiter aussi bien que l’autre enfant, parce que nous avons failli à recueillir les données nécessaires pour le traiter".

Techniquement, pour le bio-informaticien, réparer l’injustice ne semble pas si compliqué. Il suffit de séquencer les génomes de davantage d’Autochtones, affirme-t-il. Des collègues lui ont toutefois fait réaliser l’ampleur du défi. On m’a dit : "Ne fais pas ça. Ça va te prendre tout ce que tu as. Ça va te consumer, et même là, tu n’y arriveras probablement pas", relate-t-il.

Le vrai défi est en fait de rallier les communautés autochtones. La seule façon d’entamer un tel projet est de miser sur l’expérience d’une personne qui a créé une véritable relation avec des communautés autochtones canadiennes, soutient-il. On lui conseille alors de se tourner vers Laura Arbour, qui travaille sur les maladies génétiques autochtones depuis plus de 30 ans.

Une confiance à reconstruire

Laura Arbour est de ceux qui ont étudié les difficultés dans la relation de confiance entre les scientifiques et les Autochtones. Les peuples autochtones ont des préoccupations concernant les activités de recherche liées au fait que de nombreuses recherches ont été menées au bénéfice de la population générale, mais pas pour eux , souligne-t-elle.

Au Canada, une trahison a été marquante, celle commise envers la nation Nuu-Chah-Nulth sur l’île de Vancouver. Dans les années 1980, près de 900 personnes avaient consenti à donner de leur sang à un chercheur canadien de l’Université de la Colombie-Britannique pour comprendre les causes génétiques de l’arthrite rhumatoïde répandue dans leur communauté.

À leur insu, ces échantillons ont voyagé dans divers laboratoires partout dans le monde et ils ont fait l’objet de dizaines de publications scientifiques sur des sujets autres que ceux consentis au départ, entre autres des études anthropologiques et sur le VIH.

Malheureusement, il ne manque pas d’exemples similaires, notamment chez les Maoris en Nouvelle-Zélande et les Navajos aux États-Unis. Voilà pourquoi partout dans le monde, des communautés autochtones ont choisi de ne pas participer aux grandes études génétiques des dernières décennies. Les Navajos, entre autres, ont décrété un moratoire sur toute recherche génétique en 2002.

Un leadership autochtone

Lorsque Wyeth Wasserman a approché Laura Arbour en 2017, elle a réalisé l’importance du projet, mais aussi son ampleur. Elle lui répond alors à la blague que c’est un projet qui nécessitera tout le reste de sa carrière. Elle se souvient : Je lui ai dit : "Pour que ce projet se fasse, ce n’est pas toi ni moi qui devons mener ce projet. Ce doit être des Autochtones".

Elle a donc fait appel à Nadine Caron, chirurgienne ojibwée. Elle a suggéré : Avant de se demander comment gagner leur confiance, je crois que nous devons partager avec les communautés autochtones les informations. Et leur dire : "voici ce qui existe, voici ce qui est possible", et ensuite voir s’ils veulent en savoir plus, s’ils veulent participer.

Ce qui est silencieux en termes des génomes, c’est l’absence de tout : des données, leur analyse comme leur application clinique.

Nadine Caron, chirurgienne ojibwée

C’est comme ça qu’a pris naissance le Projet du génome silencieux. L’idée est de créer un comité directeur entièrement autochtone avec des membres de diverses nations canadiennes, des soignants, des parents d’enfants malades qui ont dû faire face aux travers du système de santé. Ils ont l’entière gestion de la création d’une bibliothèque de variants autochtones.

Nadine Caron s’émerveille : Quand vous visitez les communautés, que vous parlez aux gens, vous vous rendez compte que non seulement les Autochtones veulent investir le domaine de la génétique, mais ils souhaitent en prendre le leadership. Regardez ces visages autour de la table, regardez qui est à la tête du projet.

Nous avons assisté à une de leur réunion en décembre dernier. Dès le début de la rencontre, avant la lecture de l’ordre du jour, une aînée de la nation Squamish, Syexwaliya Ann Whonnock, membre du comité, prend la parole. Elle invite les personnes autour de la table à se lever, à respirer, puis elle entonne un air ancestral accompagné de son tambourin, suivi d’un rappel des valeurs qui les unissent.

Respirons, centrons-nous, et ressentons les énergies des uns et des autres, dit la femme. Elle ajoute : Nous nous réunissons aujourd’hui pour atteindre nos objectifs, nous nous engageons à nous soutenir, à nous encourager, à travailler tous ensemble, à ne faire qu’un cœur et un esprit.

Parmi eux se trouve Candice Loring, directrice des relations avec les Autochtones chez Génome Colombie-Britannique. Elle est Gitxsan. Le lendemain de la rencontre, elle tient à nous emmener visiter la tombe de sa grand-mère, une cheffe héréditaire gitxsan, une figure importante pour ce peuple, et une inspiration pour elle.

Elle pointe le boisé derrière le cimetière. Quand j’étais jeune, c’était ici que je venais faire de la luge. C’est bon d’être à la maison, dit-elle.

Une larme perle sur sa joue. Elle poursuit : C’est important pour moi de faire un travail qui a un impact sur la communauté, ici sur mon territoire. Pour moi, le Projet du génome silencieux donne une voix à ceux qui n’en avaient pas. Il y a toujours eu de la recherche sur les peuples autochtones, mais pas pour eux, pas avec eux… pas à leurs côtés.

Un mystérieux mal familial

À la création du Projet du génome silencieux, plusieurs Gitxsan ont confié à Laura Arbour un mal qui les inquiète, soit des anévrismes au cerveau, c'est-à-dire une une faiblesse des parois des artères menant à une dilatation, formant des cloques de sang pouvant éclater, causant, le cas échéant, une hémorragie et parfois, la mort subite.

Parmi les cas rapportés, il y a Sylvia Reddekopp qui a deux anévrismes, un près de chaque tempe. L’un a été opéré, mais l’autre est encore présent. Je suis comme une bombe à retardement, dit-elle à la blague. Puis, elle reprend son sérieux et dévoile son inquiétude : C’est effrayant. J’essaie de ne pas trop y penser parce que le stress augmente le risque de rupture.

Ce qui est inhabituel ici, c’est que les cas sont regroupés dans certaines familles. Le frère de Sylvia Redekkop, sa sœur et plusieurs de ses cousins sont aussi atteints, dont Perry Sampson que nous allons rencontrer chez lui. Sa sœur, sa mère, son père ont tous développé des anévrismes. En tout, 28 personnes de sa famille en ont été atteints, plusieurs en sont décédés. Perry Sampson, lui, a été atteint de cinq anévrismes, dont deux qui ont rompu.

Je ne souhaite à personne la douleur que j'ai endurée quand mon anévrisme a éclaté. Ça fait vraiment mal. Tu te bats juste pour rester conscient et la douleur est insupportable. J’ai passé 21 jours à l’hôpital, pour récupérer de cette rupture.

Perry Sampson, victime de cinq anévrismes

Il enchaîne : C’est la raison pour laquelle j’ai rejoint le Projet du génome silencieux. Pour que d’autres personnes n’aient pas à vivre ce que j’ai vécu.

L’homme se considère comme béni d’avoir échappé à la mort, mais s’inquiète pour ses deux garçons, aujourd’hui dans la vingtaine. Je dis souvent que je ne suis pas inquiet, mais peut-être que c’est là, en arrière de mon esprit. Si j’ai une nouvelle rupture, je ne serai peut-être pas aussi béni ou chanceux, affirme-t-il.

Dans le cadre du Projet du génome silencieux, les chercheurs ont séquencé le génome des personnes atteintes d’anévrisme, issues de familles différentes. Ils ont découvert sept variants qui les unissent. Mais sans catalogue de référence, difficile de savoir si l’une de ces mutations est la cause du problème. Identifier le variant ne permettra pas immédiatement de guérir les anévrismes. Mais c’est un pas pour mieux les comprendre et pour mieux dépister les personnes à risques.

Une promesse à tenir

Avant de créer ce catalogue, les membres du comité ont dû s'entendre sur l’usage des données qui seront recueillies. Pour eux, elles doivent servir avant tout au diagnostic des Autochtones. Mais plusieurs voix se sont montrées réticentes à l’utilisation des données pour toute forme de recherche. Les demandes seront évaluées au cas par cas.

Wyeth Wasserman est conscient que pour beaucoup de généticiens habitués aux grandes bases de données accessibles et au partage des connaissances génétiques, les restrictions imposées par le comité peuvent être une surprise. Mais il faut respecter leur consensus, et célébrer le fait qu’ils aient pu atteindre ce consensus, dit-il.

Il ajoute : La science reconnaît de plus en plus, en grande partie grâce à notre projet au Canada, que ce ne sont pas nos données en tant que chercheurs ou cliniciens. Elles appartiennent aux peuples, aux communautés qui nous ont offert cette occasion. Laissons-les faire leurs choix de manière informée.

À la suite de la trahison envers les Nuu-Chah-Nulth, Laura Arbour est allée à la rencontre de cette communauté. Ensemble, ils ont développé un nouveau principe, celui du prêt d’ADN, qui a fait l’objet d’une publication en 2006. Depuis, il est intégré dans plusieurs politiques de recherche, notamment aux Instituts de recherche en santé du Canada.

C’est un concept concret qui peut être compris de tous. Il signifie que les personnes nous disent : "Voici nos échantillons biologiques. Nous vous les prêtons dans ces circonstances. Si les circonstances changent, nous devons être tenus au courant. En tant que chercheurs ou cliniciens, vous êtes gardiens de ces données, vous ne pouvez pas les prêter à quelqu’un d’autre", illustre-t-elle.

Avant qu’une seule donnée ne soit transmise, le comité du Projet du génome silencieux a passé ces dernières années à mettre en place des protocoles de sécurisation et de transfert de ces données qui satisfont les partenaires et communautés autochtones. On parle ici de méthodes de transferts d’information ultra sécurisées, de données sensibles stockées sur des ordinateurs déconnectés d’Internet et de logiciels audités régulièrement.

Les questions étaient nombreuses, en particulier sur la gestion des données. Laura Arbour en cite quelques exemples : Par qui ces informations seront-elles utilisées? Notre communauté peut-elle récupérer les informations? Pouvons-nous stocker et détenir ces informations? Si nous sommes les détenteurs des données, que devons-nous faire pour les conserver en toute sécurité?

À l’automne 2023, quelques semaines avant la rencontre du comité, les données d’environ 600 personnes issues de quatre communautés sont transférées, après plus de cinq ans de discussions continues. Il était nécessaire que la gouvernance du projet et des données soit solide et en place avant de commencer le transfert des données, note Laura Arbour.

Malgré tout, plusieurs communautés ont choisi de ne pas participer au projet. Nadine Caron considère que c’est quand même mission accomplie. Le Projet du génome silencieux se résume pour moi par le mot "équité". Mais je ne parle pas d’équité dans la représentation dans les bases de données. Pour moi, l’équité c’est que tous aient eu les mêmes opportunités d’accès, et que tous soient informés. Maintenant, c’est à eux de décider ce qu’ils veulent, affirme-t-elle.

Wyeth Wasserman vient de recevoir un premier aperçu des nouvelles données. Déjà, il constate des variants répandus parmi les Autochtones, jamais identifiés auparavant. Ses équipes travaillent à plein régime, car plusieurs dossiers sur son bureau attendent en ce moment même un diagnostic. Pour ces familles, il est possible que le simple fait de disposer des données de référence nous permette d'établir un diagnostic. Je regarde tous les jours, assure-t-il.

Le Projet du génome silencieux a aussi permis la création d’un réseau de sites cliniques partout au pays ainsi que la formation de généticiens capables de faire le diagnostic des Autochtones en respect de leur culture et de les inviter à participer à la recherche.

Nous avons consacré beaucoup d’efforts aux données génétiques de référence. Mais le Projet du génome silencieux, c’est bien plus : c’est d’abattre les barrières permettant aux Autochtones d’avoir le meilleur accès possible au diagnostic.

Wyeth Wasserman, professeur en génétique à l’Université de la Colombie-Britannique

Imaginez un futur où mes enfants auront accès aux soins de santé et qu’ils n’aient plus à se demander s’ils le méritent, rêve Candice Loring. Nous honorons les générations passées et nos ancêtres, mais aussi nos générations à venir. Et le travail que nous faisons ici aura des bénéfices sur les prochaines générations.

Un début

Revenons autour de la table du comité de gouvernance du projet. En cette 27e réunion, l’heure est aux bilans. Nadine Caron s’adresse aux autres membres, faisant référence au gouffre génomique : Vous ne pouvez pas traverser un gouffre en faisant de petits sauts. Ça nous prenait un acte important comme celui-ci. Vous prenez un élan et vous foncez. Et je crois que c’est ce que nous avons fait.

Pour moi, c’est ça une véritable réconciliation. C’est même plus qu’une réconciliation, ce sont de bonnes personnes, faisant du bon travail et construisant la communauté.

Candice Loring, directrice des relations avec les Autochtones chez Génome Colombie-Britannique

L’aînée Syexwaliya Ann Whonnock renchérit : J’ai vanté à tous le comité et le travail important qui se fait ici, et ce que cela signifiera non seulement pour nous ici et pour les peuples autochtones du Canada, mais aussi peut-être pour les peuples autochtones du monde entier une fois qu'ils auront compris ce qui se passe ici.

Le lendemain, devant les Gitxsan, au centre de santé Sik-e-dakh, Laura Arbour et ses étudiants annoncent la bonne nouvelle : ils espèrent bientôt en savoir plus sur les sept variants qui unissent les personnes souffrant d’anévrismes, une étape cruciale pour éventuellement découvrir le gène causant cette dilatation anormale dans leurs familles. « D’un jour à l’autre, nous aurons plus d’information pour vous », leur dit-elle.

Une infrastructure à protéger

Dans quelques années Laura Arbour prendra sa retraite. Quand on l’évoque, un nuage d’inquiétudes traverse son regard : Ce que je veux, ce dont j’ai besoin, c’est de la pérennité. Ce que nous avons construit, c’est une infrastructure qui doit perdurer. Oui, je suis inquiète que les choses puissent changer.

Un nouveau gouvernement, une nouvelle administration, tout peut arriver. Or, si quoi que ce soit devait changer et que cela rompt l’entente de base avec les participants, il faudra que le projet ferme. Car ce sera alors la seule façon de garantir que les consentements originaux soient respectés, insiste-t-elle.

Quant à Wyeth Wasserman, il entend consacrer le reste de sa carrière à soutenir le projet. Plus nous avançons et plus de chercheurs et de leaders autochtones se joignent à nous. Et en aucun cas, je ne veux être celui qui les retient, ou qui les bloque. Je veux m’assurer qu'ils sont capables de faire le travail qu'ils veulent faire, promet-il.